NGS解析や遺伝子解析を行う際、FASTAファイルを染色体ごとに分割したい場面が多々あります。そこで、Pythonを使って簡単に染色体ごとにFASTAファイルを分割し、元のディレクトリに出力するスクリプトを作成しました。 このスクリプトは、染色体(または ...
生物情報の解析をしていると、NCBIで検索した遺伝子群の配列(mRNAやタンパク質)を一括で取得したいと思う場面がよくあります。 特に、「Send to → File」機能で得られる gene_result.txt のようなタブ区切りファイルから、自動的に配列を収集できたら便利です ...
Bioinformatics workflows often use protein FASTA files after downloading data from UniProt, Swiss-Prot, RefSeq or Ensembl/NCBI, filtering protein datasets, or running protein prediction pipelines.